1979
Prémio Especial do Melhor Museu do Ano, galardão do Conselho da Europa

1987
Prémio Mouseion para a categoria de Museu Total, atribuído pelo Triomus-87, I Congresso de Países de Expressão Oficial Portuguesa, Rio de Janeiro, Brasil.

1993
Melhor Museu do Ano, Prémio APOM-Associação Portuguesa de Museologia.

1996
Prémio de Artes Decorativas, pelo Circulo José de Figueiredo do Porto, atribuído ao catálogo de Traje de Noiva 1800-2000.

1997
Prémio SETA, atribuído ao restauro de um biombo chinoiserie de c. 1755, pelo estudo, orientação e execução do mesmo.

2001
Menção Honrosa pelo valor ornamental da Horta, atribuída pela Culturgest, no âmbito do concurso “Hortas de Lisboa”.

2005
Prémio de Museologia Triénio 2003-2005, na categoria Serviço Educativo e de Animação, atribuído pela APOM.

2010
Prémio Menção Honrosa Sustentabilidade+ na categoria de Boas Práticas, promovido pela Câmara Municipal de Lisboa.

2011
Prémio APOM 2011, na categoria de Melhor Serviço de Extensão Cultural.

2014
Medalha de Honra atribuída pela Junta de Freguesia do Lumiar pelo reconhecimento do trabalho desenvolvido e pelos serviços de excecional relevância prestado a comunidade envolvente.

2014
Prémio APOM 2014, na categoria de Melhor Exposição - Coleçoes em diálogo - José António Tenente.